웨슬리는 18세기 영국 국교회가 형식적이고 전통에 얽매어 살아 있는 신앙을 하지 못함을 개탄하고 교회를 개혁하고 부흥시키기 위해 많은 연구를 하였습니다. 그는 교회가 박해를 받을 때보다 부요할 때 성직자와 교인이 타락하는 것을 간파하였고, 실제로 18세기 영국 교회는 타락하였습니다.

웨슬리는 먼저 개인적인 구원을 강조했는데 구원을 은총으로 죄사함 받는 '칭의'와 죄성으로부터 깨끗해지고 거룩해져 사랑으로 충만한 '성화'로 나누었습니다. 성화는 성령의 은총에 대한 신인협력적인 노력에 의해 주어지며, 날마다 말씀과 은혜로 변화를 받아 '영화'를 목표로 온전히 성장하는 것입니다.

웨슬리는 교회를 제도, 의식, 교권, 건물 등에 의한 것이 아니라 그리스도 안에서 성화되어 가는 자들의 '사랑의 교제', '사랑의 공동체'로 이해하였습니다. 따라서 교회의 본질은 성화이고, 그리스도의 피로 획득한 믿음과 사랑과 경건을 소유한 하나님의 자녀들로 구성된 공동체입니다.

초대 교회 역시 서로 말씀을 가르치고 물건을 통용한 성화와 사랑의 공동체였습니다. 웨슬리는 교회는 교회의 머리된 그리스도의 지체이기 때문에 거룩하다고 생각했고, 교인 또한 거룩해져야 한다고 믿었습니다. 교회의 머리이자 지도자는 오직 예수님이므로 교회에서 성도 위에 군림하는 인간 지도자는 있을 수 없습니다.(성경에서 목사와 장로와 감독은 성경 말씀을 가르치는 자이고, 교회 실무는 집사가 담당합니다.)

웨슬리는 교인 생활에 있어서도 근면 검소하게 살면서 저축해 가난한 자들에게 베풀면서 살아야 한다고 생각했습니다. 그는 솔선수범하여 기본적인 생활비 외에 모든 수입을 선교와 구제를 위해 썼고, 그가 죽고 나서 남긴 재산은 동전 몇푼과 은수저뿐이었습니다. 그는 가재도구를 팔아 구제했고, 고아와 병자를 돌보는 학교와 진료소, 가난한 자를 위한 집 등을 설립하였습니다.

웨슬리는 영국 교회가 너무 형식적인데 치우쳐 성도를 돌보고 교제케하는데 부족했다고 보고, 교회가 교인들 간의 인격적 교제가 이루어지고 영육간의 어려운 점을 서로 살펴주는 곳이 되야 한다고 생각했습니다. 그는 초대 교회 성도들이 함께 모여 떡을 떼며 기도하고 말씀을 배우는데 힘을 쓴 것을 상기하고, 성도는 교회 안에서 그리스도의 사랑으로 성장한다고 하였습니다.

웨슬리는 성도의 교제를 위해 모라비아 교도들로부터 배운 소집단 제도를 채택하여 신도회(Society), 속회(Class Meeting), 조(Band)를 조직하여 신앙성장과 친교, 전도와 제자 훈련을 하여 온전한 그리스도인이 되게 했습니다. 그는 또한 모라비안으로부터 조직, 경건생활, 전도의 열정과 헌신, 찬송 부르기. 노방 전도, 즉석 기도와 설교, 평신도 설교, 교육 등을 배웠습니다.

웨슬리는 로마 카톨릭의 교리와 관습과 교권체제를 그대로 이어 받은 영국 성공회를 문제점을 지적했지만 되도록 교회의 일치를 위해 분리되지 않으려고 노력하였습니다. 그러나 웨슬리가 목사 안수를 베풀고 설교자를 임명한 것이 성공회와 분열되게 만들었고, 성공회 감독들도 웨슬리를 비방해 점차 분리되게 되었습니다.